Дата: 3 мая 535 года
Прошло семь лет, с тех пор, как Северная Война была проиграна. 24 воительницы, выставленные Организацией против армии пробудившихся Северного Короля Ишли, были убиты, а сам город Пиэт, как и многие другие, превратился в руины. С тех пор, Организация, опасаясь повторения случившегося на Севере, начала активную охоту на пробудившихся. Кларисса, нынешний № 47, прибывает в город Даби, чтобы встретить ещё троих Клеймор. Вместе они направляются охотиться на пробудившегося, что по слухам прячется в горах, но при этом сами попадают в засаду и чуть ли не гибнут. Своим спасением они обязаны вовремя подоспевшим Мирии, Денев, Хэлен, Табите, Синтии, Юме и Клэр, которые так же как и остальные воительницы считались погибшими, но выжили благодаря плану Мирии и все семь лет прятались от организации на Севере. Кларисс и ее группа живы, но тем не менее не могут понять откуда пришло спасение. Так как Клэр и остальные, подавляли свою ауру семь лет, они приобрели способность полностью скрывать ее. Поэтому ни группа посланная устранить пробудившегося, ни сами пробудившиеся, не смогли их ощутить.
В одном из разрушенных городов севера, Клэр находит изображение статуи богинь - близнецов Терезы и Клэр выцарапанной на стене в подвале. Поняв что Лаки жив и был здесь она принимает решение покинуть убежище и отправиться на Юг. Как выясняется во время спора с Мирией (бывшим командиром воительниц), поиск мальчика по имени Лаки является не единственной причиной такого намерения: Клэр желает отомстить Организации за бессмысленную гибель своих подруг в изначально обречённой на поражение битве за Север. Оставшиеся шестеро беглых Клеймор разделяют её чувства и тоже собираются в путь.
Ишли потерял всю свою армию, когда та столкнулась с первыми номерами организации Алисией и Бет еще семь лет назад и остался один. К тому же организация послала за ним Пожирателей Бездны, следствие своего очередного эксперимента. Рифул пока так и не добилась успехов в создании своего собственного войска, и находится в поиске новых войнов, а так же сестер Рафаэллы и Люсиэллы. Организация тем временем оправилась от событий минувших лет и уже восполнила свои ряды воительниц новыми.

Дата: 23 июля 540 года
Прошло 5 лет с событий старого сюжета и 12 лет с начала Северной войны.

События условно поделены на три категории:
1. Организация и эксперименты
2. Оппозиция и мирные жители [Драконид, язычники, Святой Союз Рабоны]
3. Пробудившиеся и Отступницы [Порождения бездны и Отступницы]

Организация и эксперименты : [Эволюция] Организация продолжает свои эксперименты. Алисия и Бет были засланы на материк с целью получения материала для исследований. В неравном бою с драконидом они погибают, сумев отсечь у нападавшего руку. Эта рука в условиях строжайшей секретности перевозится на остров. Материала хватает ровно на 6 вживлений. Проводятся операции с животным, с человеком, с Клеймор, с Лаки, с Йома и с Неканоническим Пробудившимся (sic! Который сам дал согласие на эксперимент, приследуя собственные цели). Работа над Клеймор еще не остановлена, Организация выводит новый тип, снижая количество плоти Йома в теле подопытных, параллельно экспериментируя с мозгом. Результатом становятся особый отряд, получивший название "Сестры". Девушки воспитывались вместе, жили вместе и все делали вместе, на тренировках их всячески натаскивали на командную борьбу. Боевые характеристики орудий снижены, но отсутствие эмоций и полная слаженность в действиях дает им приемущество в бою. Отряд готов для теста в полевых уловиях. Организация в дальнейшем планирует получить результаты своего главного эксперимента с кровью драконида и в случае успеха инмплантировать кровь и в тела "Сестер", сделав их непобедимыми.

Оппозиция и мирные жители: [Революция] В новоотстроенном городе Рабоне происходят волнения. Святая церковь подняла свой флаг, объявив, что бездействовать больше не может. Дело в том, что один мирный город за другим начинает пылать огнем. Ходят слухи, что на остров явился посланник настоящего бога, который рассказывает всем правду о Клеймор и обещает лучшую жизнь. Прошлое самого посланника темно, поговаривают, что он наделен силой, "воистину господней" [драконид], и ведет народ за собой к "воротам" Организации, чтобы уничтожить источник скверны. Рабона не желает слушать иноверца и прозвав движение языческим готовится к "крестовому" походу. Пришествие драконида объясняется весточкой Рубеля, который сообщает, что "пора действовать, все зашло слишком далеко". Драконид собрал народ не просто так, он надеется на небольшое приемущество, к примеру на то, что Организация не станет бить простых людей и что для Клеймор это будет психологически трудно.

Пробудившиеся и Отступницы: Ишли и Рифул бьют тревогу, разрушение Организации и появление драконида грозит гибелью всему живому. И это срывало все планы о их правлении и превосходстве. Собрав все свои силы они тайно присоединяются к Святому Союзу Рабоны, вселяя уверенность в воинов - церковников. Сделано это было тоже не просто так, Ишли догадывался о том, что это за новый бог и подумывал, что в равном бою одолеть его не получится, поэтому решил скрыться за знаменем людей, которых "новый бог" наверняка не во что не ставит, в надежде нанести удар со спины. Отступницы в смятении, они понимают, что "новый бог" - это не добро, которое пришло избавить мир от злых Старейшин, это прикрытие, которое уничтожит все. Мирия думает и решает, что они присоединятся к движению шпионами, чтобы разузнать все лучше и держать руку на пульсе. Одновременно Хелен, Денев и остальные отправляются в лагерь Союза Рабоны, которые тайно принимают их, так как им нужна любая помощь. Там их ожидает сладкая встреча с Ишли и Рифул. Лаки схватили сотрудники Организации и взяли для эксперимента, Присцилла обезумев, рвется в Сутаф, чтобы вернуть своего защитника.

Итак, у нас есть три силы, три стороны, три фракции: Организации, Святой Союз Рабоны и "язычники". Каждая из них имеет равные шансы на победу. Что будет дальше? Решать тебе.